Hampaiden puhdistaminen on tärkeä osa päivittäistä suunhoitoa. Kuitenkin vielä suuri joukko suomalaisista jättää hampaansa pesemättä joko aamulla tai illalla. Hampaiden ja hammasvälien päivittäinen puhdistaminen on olennainen osa hampaiden ja niiden kiinnityskudosten terveyden ylläpitämistä (ks. Hampaiden välipintojen puhdistus).
Tutkimuksissa saatujen tulosten perusteella hampaat suositellaan harjattavan kaksi kertaa päivässä. Karieksen hallinnan kannalta ei ole kovin suurta merkitystä sillä, harjataanko hampaat aamulla ennen aamiaista vai sen jälkeen. Illalla hampaat on hyvä harjata viimeksi ennen nukkumaanmenoa. Hampaansa vähintään kaksi kertaa päivässä harjaavilla esiintyy vähemmän ien- ja tukikudossairauksia kuin hampaansa harvemmin harjaavilla.
Hampaiden puhdistaminen fluorihammastahnalla ja pehmeällä, sopivan kokoisella hammasharjalla (kuvat , Harjamalleja) sekä oikealla harjaustekniikalla (kuva ) puhdistaa hampaat riittävän tehokkaasti ja ehkäisee ienvetäymien syntymistä (ks. Harjausvauriot). Tutkimusten mukaan sähköhammasharjalla hampaat puhdistuvat paremmin kuin tavanomaisella harjalla.
Mikäli puhdistaminen tapahtuu tavanomaisella hammasharjalla, siitä pidetään kiinni kevyellä kynäotteella, ja harja asetetaan 45 asteen kulmaan hampaan pinnalle. Hammasharjaa liikutetaan järjestelmällisesti kevyin, lyhyin, edestakaisin ja pyörivin liikkein pitkin hammasriviä, muutama hammas kerrallaan. Näin hammasharja puhdistaa myös ienrajat, joihin bakteeripeite yleensä kertyy.
Hampaiden harjauksessa on oleellista välttää liiallista voimankäyttöä, harjata hampaat järjestelmällisesti ja käyttää riittävästi aikaa, jotta kaikki hampaat tulee puhdistettua huolellisesti.
Fluoripitoinen hammastahna tehostaa puhdistamista ja lisää hampaiden vastustuskykyä (ks. Fluori). Tahnaa laitetaan hammasharjaan pieni annos, joka levitetään ennen varsinaista harjausta koko hampaistoon. Harjauksen aikana liiallinen tahna voidaan sylkeä pois. Suussa tulee kuitenkin olla tahnaa koko harjauksen ajan.
Puhdistamisen lopuksi hampaita purskutellaan suussa olevalla tahnaseoksella ja ylimääräinen tahnaseos syljetään pois. Suu voidaan huuhdella kevyesti vedellä ylimääräisen hammastahnan poistamiseksi. Tällä tavoin syljen ja hampaiden välipintojen fluoridipitoisuus jää mahdollisimman suureksi ja hampaiden reikiintymisriski vähenee.